В апреле 1992 года Россия признала Исламское Государство Афганистан (ИГА). Намерения двух стран развивать равноправные взаимовыгодные отношения были зафиксированы в Совместной российско-афганской декларации (май 1992 года) и в Российско-афганском коммюнике (сентябрь 1993 года).

В августе 1992 года в связи с обострением боевых действий в Кабуле между группировками афганских моджахедов было принято решение о временном прекращении деятельности Посольства и других российских загранучреждений в столице ИГА.

После захвата осенью 1996 года Движением талибов (ДТ) Кабула Россия, как и большинство государств мира, продолжала признавать Правительство ИГА во главе с президентом Б.Раббани в качестве законной власти в Афганистане. До конца мая 1997 года контакты с афганскими властями поддерживались через Генеральное консульство России в Мазари-Шарифе, которое было закрыто ввиду резкого обострения военной ситуации на севере Афганистана.

В феврале 2000 года, июле 2001 года, марте и ноябре 2002 года Москву посещал министр иностранных дел Афганистана А.Абдулла.

22 октября 2001 года в Душанбе состоялась встреча В.В.Путина с Б.Раббани, в ходе которой руководству Объединенного фронта (ОФ) была подтверждена российская поддержка в борьбе с талибами в интересах создания в Афганистане широкопредставительного правительства, отражающего интересы всех народов и этнических групп страны.

28 декабря 2001 года после официальной передачи власти от Правительства ИГА Временной администрации Афганистана в Кабуле было вновь открыто Посольство Российской Федерации. 14 октября 2002 года возобновлена работа Генконсульства России в Мазари-Шарифе. В ноябре 2002 года приступило к работе Представительство Российской Федерации по торгово-экономическим вопросам в ПИГА.

4 февраля 2002 года И.С.Иванов посетил Кабул с рабочим визитом. Состоялись встречи с Главой Временной администрации Афганистана Х.Карзаем и членами кабинета министров в полном составе. 12 марта 2002 года В.В.Путин принял Главу Временной администрации Афганистана Х.Карзая, находившегося в Москве с рабочим визитом. В ходе переговоров обсуждался широкий круг вопросов, связанных с возобновлением традиционно тесного двустороннего сотрудничества во многих областях.

4 июня 2002 года в Алма-Ате в рамках саммита Совещания по взаимодействию и мерам доверия в Азии состоялась встреча В.В.Путина с Х.Карзаем. Были обсуждены ход подготовки к Лойя джирге, двустороннее сотрудничество и проблема незаконного оборота наркотиков.

В январе 2002 года состоялся визит в Москву заместителя Главы Временной администрации Афганистана, Министра обороны М.Фахима, в феврале - Министра внутренних дел Афганистана Ю.Кануни. Были обсуждены практические вопросы установления военно-технических связей с Афганистаном, включая участие в общих усилиях по содействию строительству национальных вооруженных сил, становлению правоохранительных органов.

В марте 2002 года между российскими государственными и частными организациями и афганскими министрами экономического блока было подписано 20 протоколов и меморандумов о сотрудничестве, касающихся двустороннего взаимодействия в области добычи нефти и газа, промышленности, транспорта, строительства, сельского хозяйства, телекоммуникаций.

Россия продолжает оказание значительной гуманитарной помощи афганцам. Совокупный объем гуманитарных поставок Афганистану, начиная с декабря 2001 года, составил 30 млн. долларов США, в счет чего в Афганистан поставлено более 15 тысяч тонн товаров первой необходимости, а также 5 тысяч тонн пшеницы.

В ходе официального визита Министра обороны Российской Федерации в Афганистан 6 сентября 2002 года С.Б.Иванов выразил готовность российской стороны содействовать строительству вооруженных сил Афганистана.

11 сентября 2002 года в Нью-Йорке в ходе 57-й сессии ГА ООН состоялась встреча И.С.Иванова с Министром иностранных дел ПИГА А.Абдуллой. Стороны обсудили широкий круг вопросов, касающихся текущей обстановки в Афганистане, продвижения под эгидой ООН процессов государственного и экономического обустройства в этой стране, перспектив международной контртеррористической операции. Была подчеркнута обоюдная решимость развивать взаимовыгодное сотрудничество двух стран в различных областях в интересах укрепления отношений дружбы и взаимного уважения.

В марте 2003 года состоялся рабочий визит И.С.Иванова в Кабул. В ходе переговоров с Главой ПАА Х.Карзаем, а также министрами иностранных дел, обороны и финансов Афганистана была подтверждена обоюдная готовность к развитию и углублению двусторонних связей. Проведена церемония закладки первого камня российского посольского комплекса в Кабуле.

В апреле 2003г. Москву с рабочим визитом посетил Министр гражданской авиации и туризма Афганистана М.Садек. Министр был принят С.О.Франком и заммининдел А.П.Лосюковым. В ходе встреч были обсуждены вопросы оказания российского содействия в восстановлении навигационного оборудования аэропортов и обучения афганских специалистов в российских ВУЗах.

В апреле 2003г. Москву посетил Министр информации и культуры Афганистана С.М.Рахин. В ходе визита был подписан протокол о намерениях в области культурных связей.

В апреле 2003г. по приглашению Ю.М.Лужкова Москву посетил Мэр Кабула М.А.Джагдалак. По итогам переговоров подписан Протокол между Правительством Москвы и делегацией мэрии Кабула.

5-9 октября 2003 года Кабул с визитом посетил Депутат Государственной Думы Федерального Собрания России (фракция “Единство”), Председатель общества “Россия-Афганистан”, Президент российской медицинской ассоциации (РМА) А.Г.Саркисян. В ходе визита он передал Министерству здравоохранения Афганистана гуманитарную помощь (медикаменты, лекарства, перевязочные средства и медицинское оборудование) на сумму 25 тысяч долларов США, а также около 300 книг и пособий по ортопедии и травматологии для военно-медицинской академии Министерства обороны ПИГА. Кроме того, были подписаны протоколы о намерениях с Министерством здравоохранения и Академией наук ПИГА о нашем содействии в организации обучения и стажировок афганских медиков в России.

В последнее время наблюдается тенденция к заметному оживлению российско-афганского экономического сотрудничества. ОАО ПК “Роснефть”, ФГУП ВВО “Машиноимпорт” и ОАО “Роснефтегазстрой” открыли свои представительства в Кабуле. Ряд организаций рассматривает вопрос об инвестициях в афганские проекты. Кабул посещают многочисленные делегации российских экономических структур. Десятки российских компаний намерены принять участие в тендерах, проводимых афганской стороной.